1875年5月3日，清政府任命左宗棠以欽差大臣督辦新疆軍務(wù)。19世紀(jì)60年代，中亞浩罕汗國(guó)軍官阿古柏侵入我新疆，建立起軍事殖民統(tǒng)治，英俄爭(zhēng)相利用阿古柏政權(quán)作為自己分裂肢解中國(guó)領(lǐng)土的工具，俄國(guó)甚至在70年代初悍然出兵占領(lǐng)伊犁；同時(shí)美日對(duì)臺(tái)灣的侵略戰(zhàn)爭(zhēng)也相繼發(fā)生 。
到70年代中期，中國(guó)西北邊疆與東南海防頓形緊張，邊疆危機(jī)嚴(yán)重。清政府內(nèi)部在“海防”和“塞防”問(wèn)題上卻出現(xiàn)了不同意見(jiàn)。李鴻章借口海防、塞防力難兼顧，公然主張放棄新疆，“移西餉以助海防”。認(rèn)為“新疆不復(fù)，于肢體之元?dú)鉄o(wú)傷；海疆不防，則心腹之大患愈棘”。
李鴻章反對(duì)出兵收復(fù)新疆，其原因一是左宗棠鎮(zhèn)壓了陜甘回民起義，在統(tǒng)治集團(tuán)中聲望日高，淮系軍閥要借此壓抑他；二是李鴻章正籌備興辦北洋海軍，要用海軍來(lái)鞏固淮系軍閥也就是他自己的地位；同時(shí)，這也合于英國(guó)反對(duì)清軍西征，以免它的走狗阿古柏復(fù)滅的企圖。
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湖南巡撫王文韶等認(rèn)為，沙俄威脅最大，主張“塞防”為主，以全力注重西北。左崇棠則認(rèn)為海防、塞防兩者并重，不可偏廢。抨擊李的主張是“自撤藩籬”。他強(qiáng)調(diào)“重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以衛(wèi)京師”。
左宗棠鎮(zhèn)壓過(guò)太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)和西北回民起義。但在民族危機(jī)日益加深的形勢(shì)下，挺身而出，能以“邊荒艱巨為己任”，不僅說(shuō)明他著眼全局，目光遠(yuǎn)大，而且具有平叛亂和反侵略的雙重意義，因而得到國(guó)內(nèi)愛(ài)國(guó)輿論的支持。
清廷權(quán)衡利弊，采納了左宗棠的主張。3日任命他督辦新疆軍務(wù)，出兵西征，收復(fù)新疆
